再生資源產業系統內各要素之間、要素與系統之間通過相互作用使系統整體在空間排列上、要素組合上、協同配合上都更具有秩序性，推動了再生資源產業系統從無序走向有序、從一般走向優化。因此，再生資源產業集成的指導思想是系統論，作用對象是復雜巨系統。 再生資源產業集成的具體方法是綜合集成法。該方法的理論基礎是思維科學，方法基礎是系統 科學與數學科學，技術基礎是以計算機為主的現代信息技術，哲學基礎是馬克思主義實踐論和認識論。綜合集成方法作為系統論方法的一種，是還原論方法和整體論方法的結合，是人類智慧和計算機、網絡技術的創造性融合。通過定性綜合集成，對復雜系統或復雜巨系統提出問題、形成經驗性假設；通過定性與定量相結合的綜合集成，來檢驗定性綜合集成中的問題和經驗性假設 的正確性，把定性描述系統局部上升到定量描述系統整體；通過從定性到定量 的綜合集成，獲得證明或驗證經驗性假設以及判斷正確的定量結論。現代產 業是一個復雜巨系統，大量經濟問題呈現出關系復雜、參數眾多的特征。如果 繼續采用傳統方法處理現代再生資源產業問題，將無法嚴格描述再生資源產業現實情況、無法精 確得到定量結論，也就無法圓滿地解決再生資源產業系統的多重矛盾和實際問題。

再生資源產業集成是在再生資源產業全球化和經濟一體化的背景下，將集成思想引入再生資源產業發展，是兩個或兩個以上的企業、行業或者再生資源產業集合成一個復合系統的過程和結果。它改變了現代供應鏈、價值鏈、生態鏈模式，是不同鏈條上各個環節按照一定的集成方式和模式進行的構造和組合，其目的在于更大程度地提高再生資源產業系統的整體功能，實現再生資源產業系統整體功能倍增或集成涌現，是實現再生資源產業跨越式發展和再生資源產業創新的基礎，是一種再生資源產業競爭戰略。再生資源產業集成的認識論基礎是系統論。系統論的本質可以概括為“整體大于部分之和”，其特征表現在整體性、層次性、動態性、綜合優化等方面。由于再生資源產業系統中任意要素的變化會引致與其相關要素或者所處環境發生改變，因而再生資源產業系統是聯系的。再生資源產業系統內部存在企業、行業、再生資源產業等多層次結構，它們的結構、功能和運動規律隨著層次結構的升高而更加復雜。再生資源產業系統內各種要素以及再生資源產業系統狀態不僅在自我演進，也在影響或者催生著相關要素的發展和周圍環境的變遷。